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“高通量测序技术与数据分析”高级培训班通知
点击次数:3929 发布日期:2019-5-28  来源:本站 本站原创,转载请注明出处
各有关单位:
随着新一代高通量测序技术的快速发展,在准确度大大提高的前提下, 进一步降低测序成本。由此不断产生出巨量的分子生物学数据,这些数据有着数量巨大、关系复杂的特点,以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。随着生物信息学作为新兴学科迅速蓬勃发展,正在改变人们研究生物医学的传统方式,高通量测序技术以及数据分析技术已成为探索生物学底层机制和研究人类复杂疾病诊断、治疗及预后的重要工具,广泛应用于生命科学各个领域,是21世纪生命科学与生物技术的重要战略前沿和主要突破口。为进一步推动我国生物信息学特别是基因组学的发展,提高从业人员的技术水平。由中科成创(北京)生物技术有限公司具体承办,具体事宜通知如下:
 
一、授课专家及培训目标:
主讲专家来自中科院基因组所专家,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事生物信息领域项目研究,具有资深的技术底蕴和专业背景。  
本培训以第三代测序、第四代测序技术的应用与数据分析、基因组、转录组为主题,精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机课程。
二、授课模式: 
1. 上机操作为主,理论为辅;
2. 学员与授课老师互动性授课;
3. 解决学员在授课当中的疑难问题;
4. 帮助学员开拓在课题工作中实验设计思路及解决相关问题;
5. 配合研究中所需的要点,围绕实际研究中常用的软件展开;
三、时间地点: 2019年7月10日—7月14日   安徽合肥
(时间安排:第1天报到,授课4天)
培训内容
    章节
  
1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer
2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise
3、序列比对算法分析
 
 
1、新一代测序技术原理和数据处理介绍
2、基因组拼接与组装
基因组de novo组装方法
重复序列分析技术
3、 RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA
RNA干扰,SiRNA预测技术
4
、基因预测
原核:Glimmer,真核:Genescan, Augustus
5
基因功能注释及常用的数据库介绍
全基因组重测序分析介绍及上机实战
1、Linux操作系统简介
2、常用Linux命令的介绍和实战
3、全基因组测序分析流程简介
4、高通量测序数据的常见格式(fasta、fastq、sam、bam、vcf、bed
5、全基因组测序数据常用分析软件速览(bwa、samtools、GATK、bcftools、circos
6、dbSNP数据库简介
7、数据质量评估、质量控制
8、mapping到参考基因组
9、sam文件的操作(convert to bam、sort、rmdup、index
10、定位indel
11、Variant Calling
DNA测序技术-转录组分析的进化
1、第一代测序技术:Sanger测序原理
2、第二代测序技术:Illumina,454, Ion Torrent原理
3、第三代测序技术:PacBio, Hellicos原理
4、第四代测序技术:   Oxford NanoPore原理
5、其他技术Hybridization based methods (NabSys)
Experimental procedure for transcriptomic analysis
Introduction
Number of duplications
Sequencing coverage
Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)
Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)
IsoSeq Experimental design
Data analysis  
(part 1):data pre-processing
 
evaluation of data quality 数据分析
Data format,fasta,fastq,quality value,gff3 Data cleanup
Quality filter, trimmer, clipper
 
Data analysis
(part 2):reference free analyses(无参转录组分析)
Gene discovery
Trinity de novo transcriptome assembly
Analysis of Differential Expressed Gene (DEGs
Abundance estimation using RSEM
Differential expression analysis using EdgeR
Explore the results (cummerbund)
MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)
hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.
 
使用R语言进行生物信息学相关的分析
使用R语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。
生物信息学专业图KEGG、GO等的绘制方法与运用R语言进行实现
基因组可视化软件circos的使用
 
使用circos绘制基因组圈图
生物信息学专业常用工具及绘图方法
应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换;
学BioEdit、WeGO等常用生物学专业软件的图表及格式转换
五、报名办法及费用: 
每人¥4380元(含报名费、培训费、资料费、证书费)
团队报名:4+1优惠。(5位其中1位免除费用)
所报名参加学员赠送一个8G U盘(内含上课所有使用软件与课件资料)
食宿可统一安排,费用自理。各单位人员报名参加,报名回执表请回传至会务处即可。
如单位有内训需求,请将内训方案传至会务组,根据单位需求安排相应专家进行授课
六、颁发证书:
参加本次培训通过考试审核可获得《生物信息工程师》结业证书。报道时携带两张蓝底1寸照片,一张身份证复印件交给现场会务老师。
 
七、 联系方式:
联系人:薛炎   176 1026 5591
报名邮箱:zkcc_BIS@vip.163.com
                                      中科成创(北京)生物技术有限公司
二零一九年五月二十七日
 
参考附件:报名回执表.doc
参会咨询

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